| 食品小作坊规模小，数量多，分布广，大多分布在城乡结合部及农村。要切实加大对小作坊的监管力度，确保监管到位，工作重点在基层。
目前，质监部门对食品质量安全监管的机制和办法是：对食品生产加工企业实行准入制度，实施食品质量安全监管责任制，与食品生产加工企业签订食品质量安全责任状，对食品生产加工企业进行巡查、监督检查和产品质量监督抽查等。这些监管机制和办法起到了积极的成效，但是，随着质监部门具备食品生产加工企业生产加工过程卫生监管职能后，对食品质量安全监管领域进一步拓宽，负责进行日常监督和行政执法工作的县局，在履行监管职能时，也遇到了许多问题和矛盾。
例如，现有的食品质量安全监管法律法规主要有《产品质量法》、《食品生产加工企业质量安全监督管理办法》、《无照经营查处取缔办法》等。对无照经营且不具备生产条件的食品小作坊和生产加工假冒伪劣食品的小作坊，适用上述法律法规进行处理都有法可依。但是对证照不齐全，生产条件不完善，产品质量稳定性较差的食品小作坊实施监管，上述法律法规对违法行为就不能有的放矢，特别是在巡查、检查中发现食品小作坊必备生产条件和检测手段不完善，缺乏行之有效的法律法规进行规范。往往是第一次查出的问题，第二次再查还是如此。
另外，缺少食品质量安全监督检验机构，监督检验机构检验项目不全，检验设备、方法落后导致检验水平滞后等问题也给县级局实施监管造成了一定的困难和影响。突出问题是当地无检验机构或检验机构检测项目不全，送省、市检验机构检验，不仅送检样品增加了开支，而且送检过程难免使样品质量发生变化，特别是冷冻饮品等保质期短的食品。另外，检验机构检测项目不全、检测水平落后造成漏检和误检，给监管工作造成的损失和影响更大。
国家质检总局对食品质量安全监管实施“统一管理，分类监管，重心下移，层级负责”的新机制，县级局主要是开展企业基本情况调查，建立企业档案并进行日常监督和行政执法工作，要保证对食品小作坊实施动态监管，确保监管到位，工作量是相当大的，没有充足的经费供给，缺少交通工具、信息处理设备，是不能保证监管到位的，尤其是经济欠发达地区及偏远山区，多数食品生产加工企业是小作坊，分布又广，这一问题更为突出。
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